Miloš Stupar zvani Mišo, sin Miroslava i Slavojke rođene Ninić, rođen 7. decembra 1963. godine u Tišću, opština Šekovići, gdje je i nastanjen, po narodnosti Srbin, državljanin BiH, policajac, oženjen, otac četvoro djece, vojsku služio 1982. godine u Nišu.
Dana 9. januara 1992. godine proglašena je „Srpska autonomna oblast Birač“, koja je obuhvatala cijelu teritoriju opština Šekovići i Vlasenica, kao i dijelove opština Bratunac, Srebrenica i Zvornik. U otprilike isto vrijeme, u Srebrenicu su stigle srpske paravojne grupe i počele, zajedno sa JNA i SDS-om, dijeliti oružje i vojnu opremu lokalnim Srbima. Oružje je takođe na to područje dopremano iz Srbije čamcima preko Drine ili helikopterima. Potajno se na cijelom području u javnim objektima u srpskim selima provodila paravojna obuka. U poređenju s tim, čini se da se Muslimani nisu adekvatno pripremili za oružani sukob koji je prijetio. U istočnoj Bosni, Muslimani se ili nisu uopšte vojno organizovali ili su to činili samo putem lokalnih dobrovoljačkih grupa. U muslimanskim selima čak nije bilo ni vatrenog oružja, osim nešto pištolja i lovačkih pušaka u ličnom vlasništvu seljana; u policijskoj stanici Srebrenica bilo je nešto lakog naoružanja. Dana 8. aprila 1992., Savjet za narodnu odbranu izdao je naređenje da se formiraju „policijske ratne stanice“ u mjesnim zajednicama te opštine. Istog dana, Naser Orić je postavljen za komandanta jedne takve ratne stanice, policijske ispostave Potočari. Muslimani i Srbi su, i jedni i drugi, počeli formirati seoske straže da zaštite svoju imovinu. Na ulazima u sela postavljene su barikade i kontrolni punktovi. Prekinuta je opskrba vodom i televizijski prijenosi. Ljudi su napuštali svoje domove i odlazili na mjesta na kojima su se osjećali sigurnije. Srebrenica je postala glavni fokus srpske strategije i srpske snage su je postepeno izolovale. Do aprila 1992., JNA je postavila artiljeriju na sve strateške tačke i kote oko Srebrenice, a na području Podrinja raspoređene su mnoge jedinice JNA koje su se povlačile iz susjedne Hrvatske.
Dana 8. aprila 1992., srpske snage su silom preuzele kontrolu nad Zvornikom i tako odsjekle Srebrenicu od Tuzle. Tri dana nakon toga, 11. aprila 1992. godine Srbi su preuzeli kontrolu nad selom Skelani, jugoistočno od Srebrenice, i potom postavili kontrolne punktove na putu za Srebrenicu.
Dana 18. aprila 1992. godine, Srebrenica je nakon granatiranja pala u ruke Srba. Poslije preuzimanja gradom je pronešena srpska zastava. Srpske strane su, zajedno sa paravojnim jedinicama, pljačkale imovinu, oštećivale kuće i ubile mnoge Muslimane koji su ostali.
Međutim, sporadičan otpor Muslimana oko Srebrenice nanosio je gubitke srpskoj strani. Dana 8. maja 1992., iz zasjede je ubijen vođa srebreničkog SDS-a Goran Zekić. Otprilike u to vrijeme, srpske snage su se povukle iz Srebrenice, a muslimanski borci, koji se dejstvovali u okolini, vratili su se u razoreni grad, a za njima i muslimanski civili.
Mada su Muslimani uspjeli ponovno da preuzmu grad Srebrenicu, ostali su u okruženju srpskih snaga i bili su odsječeni od zaleđa gdje se iz džepova pod muslimanskom kontrolom pružao otpor srpskoj vojnoj kampanji. Između aprila 1992. i marta 1993., grad Srebrenica i okolna sela pod muslimanskom kontrolom bili su neprestano meta srpskih vojnih napada artiljerijom, snajperima, a povremeno i bombardovanjem iz zraka. Svi napadi su vršeni po sličnom obrascu. Srpska vojska i paravojne snage okružili bi selo ili zaselak bosanskih Muslimana, pozvali bi stanovništvo da preda oružje, a tada bi započeli sa granatiranjem i pucnjavom ne birajući ciljeve. U tom razdoblju, Srebrenica je svakodnevno bila izložena nasumičnom granatiranju iz svih pravaca. Naročito su Potočari bili svakodnevna meta srpske artiljerije i pješadije jer su bili važna tačka u odbrambenoj liniji oko Srebrenice.
Dok su Srbi bili nadmoćni u vojnom smislu, Muslimani, koji su bili brojniji, vodili su gerilski rat, i u drugoj polovini 1992. i početkom 1993. su imali dosta uspjeha. Između juna 1992. i marta 1993., Muslimani su izvršili pohod na više sela i zaselaka koji su bili nastanjeni Srbima, ili iz kojih su Muslimani prije toga bili protjerani. Do januara 1993., nakon što su osvojili Kravicu i okolinu, Muslimani su uspjeli povećati teritoriju pod svojom kontrolom potiskujući srpske linije i povezujući izolovane dijelove teritorije pod muslimanskom kontrolom, formirajući kompaktnu muslimansku enklavu oko Srebrenice.
Međutim, relativna prednost koju su postigli Muslimani nije dugo trajala. Najkasnije početkom februara 1993., Srbi su započeli veliku operaciju za osvajanje teritorija pod muslimanskom kontrolom. Do marta 1993., srebrenička enklava je smanjena na područje promjera manje od 20 kilometara, koje se protezalo otprilike od Potočara na sjeveru do Zelenog Jadra na jugu. Posmatrači su, opisujući srpsko napredovanje, naveli da je ono odstupalo od klasične vojne ofanzive jer se vršilo stalno i namjerno granatiranje sela na liniji fronta, zbog čega je među stanovništvom zavladala panika te su se dali u bijeg u pravcu Srebrenice. Najprije su napadnuta sela Kamenica i Cerska na sjeveroistoku enklave, koja su pala pod kontrolu Srba u februaru ili martu 1993., a ubrzo nakon toga pala su i sela Voljevica i Sase na sjeveroistoku i Osmače na jugoistoku enklave.
Stanovnici okolnih područja, bosanski Muslimani, slili su se u grad Srebrenicu. Do proljeća 1993. godine populacija grada Srebrenice izuzetno se povećala i dostigla 50.000 do 60.000 stanovnika. U Žepi je takođe prilikom popisa 1993. godine ustanovljeno da je broj stanovnika porastao na oko 10.000, pošto je bila preplavljena bosanskim Muslimanima sa drugih područja. Humanitarna situacija u Srebrenici je bila očajna. U martu i aprilu 1993. godine UNHCR je iz Srebrenice evakuisao izmeñu 8.000 i 9.000 bosanskih Muslimana, uprkos tome što se vlada bosanskih Muslimana u Sarajevu protivila evakuacijama, tvrdeći da one doprinose “etničkom čišćenju”. U martu 1993. godine, general Philippe Morillon, komandant UNPROFOR-a za BiH, obratio se okupljenim uspaničenim građanima Srebrenice i obavijestio ih da je grad pod zaštitom. UN-a. Poslije Morillonove izjave, Savjet bezbjednosti UN-a, reagujući na “ubrzano pogoršanje stanja u Srebrenici i njenoj okolini”, usvojio je 16. aprila 1993. godine Rezoluciju br. 819, kojom je Srebrenica proglašena “zaštićenom zonom” i kojom se pozivaju “paravojne jedinice bosanskih Srba da odmah obustave oružane napade na Srebrenicu i da se odmah povuku iz njene okoline”. Savjet bezbjednosti je takođe pozvao na preduzimanje hitnih koraka kako bi se povećalo prisustvo UNPROFOR-a u Srebrenici i okolini. Na osnovu Rezolucije Savjeta bezbjednosti, UNPROFOR je posredovao oko sklapanja sporazuma o prekidu vatre između ARBiH i VRS-a, koji je potpisan 18. aprila 1993. godine. U njemu se poziva na razoružavanje srebreničke enklave pod nadzorom UNPROFOR-a. Istog dana, u Srebrenicu su stigli prvi pripadnici UNPROFOR-a.
Ipak, 8. marta 1995. godine predsjednik Republike Srpske, Radovan Karadžić je izdao Direktivu 7 jedinicama Vojske Republike Srpske u kojoj se, između Drinskom korpusu naređuje da „izvrši potpuno fizičko odvajanje Srebrenice od Žepe, čime bi spriječili pojedinačno komuniciranje između enklava. Svakodnevnim planskim i osmišljenim borbenim aktivnostima stvoriti uslove totalne nesigurnosti, nepodnošljivosti i besperspektivnosti daljeg opstanka i života mještana u Srebrenici i Žepi“.
Dana, 6. jula 1995. godine, otprilike 3. sata ujutro pripadnici VRS započeli su operaciju kodnog naziva Krivaja 95. Postupajući po naredbi Radvana Karadžića snage bosanskih Srba započinju sa preuzimanjem Srebrenice. Narednih dana da bi savladali otpor pripadnika ARBiH i Holandskog bataljona, snage bosanskih Srba intenziviraju granatiranje. Uporedo sa zauzimanjem sela u srebreničkoj enklavi i jačanjem opsade, bosanski Muslimani nadiru u grad Srebrenicu, tražeći utočište.
Kako se stanje u Srebrenici progresivno pogoršavalo, u strahu od dalje sudbine, stanovništvo enklave Srebrenica je krenulo prema bazi holandskog bataljona u Potočarima, tražeći zaštitu, pa se do večeri 11. jula 1995. godine okupilo oko 20.000 do 25.000 izbjeglica. Civili, žene, djeca i starci u Potočarima, odvojeni od muških članova svojih porodica, među kojima je bilo i malodobnih dječaka, u situaciji krajnje nehumanih životnih uslova uzrokovanih nedostatkom prostora, nesnosnim vrućinama, nedostatkom hrane i vode, a atmosferi straha, autobusima i kamionima deportovani su iz Srebrenice na područje pod kontrolom ARBiH.
Nakon što su 11. jula 1995. pripadnici VRS zauzeli Srebrenicu, nekoliko hiljada vojno sposobnih muškarca se okupilo na brdu Šušnjari, gdje je načelnik štaba 28. divizije ARBiH, Ramiz Bećirović uz predstavnike muslimanskih vlasti u Srebrenici, odlučio da u koloni krenu prema području pod kontrolom ARBiH na sjeveru, u Tuzlu, što je značilo probijanje kroz položaje VRS i prelazak preko područja Bratunac – Konjević Polje – Nova Kasaba. Dana 13. jula 1995. pripadnici VRS su dali ultimatum Muslimanima u šumi, koji su se kretali iz pravca Bratunca ka Konjević Polju, ili da se predaju ili da budu ubijeni, nakon čega se veliki broj Muslimana predao. Dva glavna pravca duž kojih su pripadnici VRS 13. jula zarobili velike grupe Muslimana iz kolone ili su im se oni predali, bila su put Bratunac – Konjević Polje i put Nova Kasaba – Konjević Polje.
Oko 1.000 zarobljenih muslimanskih civila koji su bili privremeno zatočeni u školi u Orahovcu je pogubljeno na obližnjoj livadi pored željezničke pruge
Približno 1.000 civila koji su bili zatočeni u Petkovcima je strijeljano na brani obližnjeg akumulacionog jezera.
Najmanje 500 zatočenika koji su pretodno zatočeni u Osnovnoj školi u Ročeviću strijeljano je na obali rijeke Drine u Kozluku.
Najmanje 1.000 zatočenika je iz Osnovne škole u selu Pilica gdje su prethodno bili zatočeni prebačeno na Vojnu ekonomiju Branjevo, gdje su strijeljani.
U Domu kulture u centru sela Pilica zatvoreno je i pogubljeno najmanje 500 muslimanskih civila.
Pripadnici Vojske Republike Srpske su izvršili genocid u Srebrenici.
Rješenjem od 24. februara 1994. godine (Dokaz O-96), Miloš Stupar je postavljen na položaj komandanta Odreda policije Šekovići – Specijalna brigada policije, koje je stupilo na snagu dana 23. februara iste godine. Dana 23. augusta 1995. godine je doneseno Rješenje o raspoređivanju Miloša Stupara na dužnost i zadatke (Dokaz O-94), čime je raspoređen na radnu obavezu kao šef zvorničkog odjela Uprave za kontradiverzionu zaštitu, od 21. augusta iste godine.
Nakon što su pripadnici VRS 11. jula 1992. godine zauzeli Srebrenici a desetine hiljada bošnjačkih civila se uputilo prema Potočarima kako bi zaštitu potražilo u bazi UN, pripadnici Drugog odreda Šekovići su 12. jula 1995. godine dobili zadatak da izvrše pretres terena u blizini Potočara prema Žutom mostu, odnosno sela Budak koje je bilo naseljeno bošnjačkim stanovništvom. Nakon što su „obavili“ zadatak pripadnici Drugog odreda Šekovići su se uputili prema Bratuncu gdje dobivaju novo naređenje. Naime, njihov komandir Milenko Trifunović im je rekao da produže prema Kravici i Sandićima gdje će dobiti dalja uputstva. Po dolasku pripadnici Drugog odreda Šekovići su raspoređeni duž dionice puta Bratunac – Konjević Polje, koji su trebali „osigurati“ budući da se očekivao veći priliv bošnjačkih muškaraca koji su kroz šumu pokušavali da se probiju do teritorije pod kontrolom ARBiH.
U ranim jutarnjim satima 13. jula 1995. godine došlo je do razmjene vatre između Bošnjaka i Prve čete PJP CJB Zvornik na potezu Sandići i Konjević Polje. U međuvremenu, pripadnici VRS su putem megafona pozivali Bošnjake da se predaju tvrdeći da im se ništa neće dogoditi. Bošnjački muškarci su počeli da se predaju taj dan te je izvan svake sumnje utvrđeno da se veliki broj Bošnjaka 13. jula 1995. godine predao pripadnici VRS koji su ih potom zatoči na livadi u Sandićima. Zarobljenicima su bili iscrpljeni, gladni a neki i ranjeni. General Ratko Mladić je na livadu u Sandićima došao isti dan oko 12. ili 13. časova, te je rekao zarobljenicima da im se ništa neće dogoditi te da će biti razmijenjeni. Prema riječima svjedoka, Dragomira Stupara, taj dan na livadi u Sandićima, je zajedno sa Ratkom Mladićem, bio prisutan i komandant Drugog odreda specijalne policije Šekovići, Miloš Stupar.
Istog dana, neutvrđen broj zatočenika, njih oko 1.000 je u koloni ili na drugi način odvedeno i zatočeno u Zemljoradničku zadrugu Kravica, gdje su pripadnici Drugog odreda Šekovići otvoriti vatru na njih. Pogubljenja u Zemljoradničkoj zadruzi Kravica su se nastavila i 14. jula. Sudsko vijeće je van svake sumnje utvrdilo da je u Zemljoradničkoj zadruzi u Kravici ubijeno više od 1.000 zarobljenih srebreničkih muškaraca.
Sud je optužnicu potvrdio 19. decembra 2005. godine.
U optužnici se navodi da su optuženi, kao svjesni učesnici udruženog zločinačkog poduhvata, u periodu između 10. i 19. jula 1995. godine, počinili krivično djelo genocida, između ostalog i na način da su učestvovali u ubijanju više od jedne hiljade zarobljenih Muslimana muškaraca iz Srebrenice zatvorenih u skladištu Zemljoradničke zadruge u Kravici. Optužnica tereti svih 11 optuženih i to: Miloša Stupara, Milenka Trifunovića, Branu Džinića, Aleksandra Radovanovića, Slobodana Jakovljevića, Velibora Maksimovića, Dragišu Živanovića, Branislava Medana, Milovana Matića, te Petra Mitrovića i Miladina Stevanovića za krivično djelo genocida.
Optuženi se konkretno terete da su 12. i 13. jula 1995. godine bili raspoređeni duž ceste Bratunac-Milići, na dijelu između Kravica i Sandići osiguravali cestu Bratunac-Milići i da su je otvarali i zatvarali za promet u skladu s planom prisilnog preseljenja oko 25 000 žena, djece i staraca Muslimana, te da su 13. jula 1995. godine izvodili izviđanja i oružane napade iz teškog naoružanja i artiljerije na kolonu Muslimana u području iznad Kamenice i na taj način ih prisiljavajući da se predaju, kao i da su istog dana osiguravali cestu te učestvovali u hvatanju i zarobljavanju više hiljada Muslimana iz kolone, kao i da su zadržavali više od hiljade Muslimana na livadi u Sandićima, koje su prebacili istog dana u skladište Zemljoradničke zadruge Kravica i u ranim večernjim satima u prisustvu optuženog Stupara, usmrtili tako što su svi optuženi izuzev Brane Džinića i Milovana Matića, pucali u zarobljenike, a Džinić bacao na njih ručne bombe, dok je Milovan Matić punio okvire municijom koja je korištena za ubijanje zarobljenika.
Izmijenjenom optužnicom Tužilaštva BiH broj KT-RZ-05/10 od 4. marta 2010. godine optuženom Milošu Stuparu je stavljeno na teret krivično djelo Genocid. Optuženom se stavlja na teret da je vršeći dužnost komandanta II odreda specijalne policije Šekovići, dakle kao nadređena osoba, znajući da se njemu podređene osobe spremaju da učine krivično djelo, propustio da preduzme nužne i razumne mjere da ih u tome spriječi, te nakon izvršenja istih, nije preduzeo potrebne mjere za njihovo kažnjavanje.
Prvostepenom presudom Miloš Stupar je proglašen krivim što je: „u svojstvu komadanta Drugog odreda Specijalne policije Šekovici kojim je komandovao, s ciljem da djelomično istrijebi skupinu Bošnjačkog naroda kao nadređena i odgovorna osoba za radnje svojih podređenih znao je ili je bilo razloga da zna da su njegovi podređeni dana 13.07.1995. godine počinili ubistvo zarobljenih Bošnjaka u skladištu Zemljoradničke zadruge Kravica s ciljem da djelomično istrijebe skupinu Bošnjačkog naroda, a nije preduzeo potrebne i razumne mjere da kazni počinioce“
Odbrana Miloša Stupara je uložila žalbu na prvostepenu presudu zbog „bitne povrede odredaba krivičnog postupka“ a iz člana 297.stav 1. tačka k) ZKP BiH, jer je izreka pobijane presude nerazumljiva, a pored toga i protivrječna iznesenim razlozima u obrazloženju te presude, a Apelaciono vijeće je utvrdilo da je žalba osnovana, te naložila ponavljanje postupka.
“Naime, žalbom se ukazuje da iz izreke pobijane presude ostaje nejasno da li je optuženi Stupar oglašen krivim za saučesništvo u krivičnom djelu Genocid ili kao saizvršilac krivičnog djela Genocid u smislu člana 171. tačka a) KZ BiH, što je suprotno konceptu komandne odgovornosti, a zašto je optuženi Stupar također oglašen krivim u tački II izreke pobijane presude”.
Članom 290. ZKP BiH propisano je šta treba da sadrži pismeno izrađena presuda, a posebno šta izreka presude mora obuhvatiti, te da će sud određeno i potpuno iznijeti koje činjenice i iz kojih razloga uzima kao dokazane ili nedokazane, dajući naročito ocjenu vjerodostojnosti protivrječnih dokaza, te kojim se razlozima rukovodio pri rješavanju pravnih pitanja, naročito pri utvrđivanju da li postoji krivično djelo i krivična odgovornost optuženog i pri primjenjivanju određenih odredaba krivičnog zakona na optuženog i njegovo djelo, a članom 285. ZKP BiH propisano je da izreka presude kojom se optuženi oglašava krivim mora sadržavati činjenice i okolnosti koje čine obilježja krivičnog djela, kao i onih od kojih ovisi primjena određene odredbe krivičnog zakona.
Apelaciono vijeće je utvrdilo da: “da izreka iste ne sadrži činjenični opis djela (činjenice i okolnosti koje čine obilježja djela) što izreku prvostepene presude čini nerazumljivom i zbog čega se ista ne može ispitati. Nije dovoljno samo parafrazirati pravni opis djela za koje se optuženi oglašava krivim, a što pobijana presuda čini, nego izreka prvostepene presude mora sadržavati činjenični osnov kojim se konkretizuje radnja optuženog koja predstavlja krivično djelo, a koji će biti jasan, određen i potpun, te obuhvatiti sva obilježja krivičnog djela. Postupajući na suprotan način, prvostepeni sud je počinio bitnu povredu odredba krivičnog postupka iz člana 297. stav 1. tačka k) ZKP BiH, na što branioci optuženog osnovano ukazuju u svojim žalbama”.
Naime, sudsko vijeće je zaključilo, za razliku od Vijeća u prvostepenom postupku da Miloš Stupar ustvari, nije ni bio komandant Drugog odreda Šekovići u inkriminisanom periodu.
Za razliku od prvostepenom sudskog vijeća, drugostepeno vijeće je prihvatilo navode odbrane da je Miloš Stupar razriješen dužnosti iako je veći broj svjedoka naveo da je MILOŠ STUPAR BIO DE FACTO KOMANDANT, sudsko vijeće poklanja povjerenje iskazu Ljubomira Borovčanina koji je naveo da Miloš Stupar smijenjen a da je na njegovo mjesto postavljen Rade Čuturić. Inače Ljubomir Borovčanin je pravosnažno osuđen pred Haškim tribunalom. Važno je napomenuti da je prvostepeno sudsko vijeće odbacilo ovo sjedočenje, navodeći da je Ljubomir Borovčanin tokom istrage više puta ponovio da je Miloš Stupar bio komandant Odreda te da je taj iskaz promijenio tokom postupka.
Pored toga, prvostepeno sudsko vijeće je navelo da je na osnovu materijalnih dokaza i dokumenata utvrdilo da je Rješenjem od 24. februara 1994. godine (Dokaz O-96), Miloš Stupar postavljen na položaj komandanta Odreda policije Šekovići – Specijalna brigada policije, koje je stupilo na snagu dana 23. februara iste godine te da sa iste pozicije nije razrješen sve do 23. augusta 1995. godine kada je doneseno Rješenje o raspoređivanju Miloša Stupara na dužnost i zadatke (Dokaz O-94), čime je raspoređen na radnu obavezu kao šef zvorničkog odjela Uprave za kontradiverzionu zaštitu, od 21. augusta iste godine. Ipak drugostepeno sudsko vijeće je navelo da postoji „vjerovatnoća da je Miloš Stupar razriješen usmenim putem“ te da „Radna knjižica i evidencija o kretanju u službi, same po sebi ne mogu biti aposlutni osnov da je optuženi bio komandant Drugog odreda“.
Udruženje “Tranzicijska pravda, odgovornost i sjećanje u Bosni i Hercegovini” je poslalo Zahtjev za pristup informacijama Sudu BiH tražeći da dostavi informacije o tome da li je Miloš Stupar dobio odštetu za vrijeme provedeno u pritvoru i u kojem iznosu (važno je istaći da je Miloš Stupar u pritvoru proveo preko četiri godine – za mnogo manji vremenski period proveden u pritvoru Aleksandar Cvetković je dobio odštetu od Bosne i Hercegovine u iznosu većem od 200.000 KM). Rješenjem od 11. februara 2026. godine, Sud BiH je odbio da dostavi informacije jer bi “mogli biti povrijeđeni interesi parnične stranke” odnosno Miloša Stupara. Sud je također zaključio da nije u interesu javnosti da se takve informacije objave.