Već od kraja 1992. godine je bilo sukoba između HVO-a i ARBiH u dolini Lašve, u Gornjem Vakufu, u Busovači, u Prozoru, u Novom Travniku i u Kiseljaku. Ti sukobi su se nastavili u januaru 1993. godine te su se proširili i na druge opštine srednje Bosne. Krajem januara 1993. godine došlo je do otvorenih neprijateljstava između HVO-a i ARBiH. Neki svjedoci su govorili o neprekidnom sukobu između HVO-a i ARBiH od januara do aprila 1993. godine u Busovači i Gornjem Vakufu. Ti svjedoci su navodili da je u aprilu 1993. izbio sukob i u opštinama Vitez, Travnik, Kakanj i Zenica, a zatim se u junu 1993. godine razbuktao sukob između te dvije vojske u srednjoj Bosni. Tokom 1993. godine do 18. marta 1994. godine ARBiH je učestvovala u vojnom sukobu s Hrvatskim vijećem obrane (HVO) u srednjoj Bosni, uključujući opštine Travnik, Zenicu, Bugojno, Kakanj i Vareš. To što je u više navrata došlo do neuspjeha u formiranju zajedničke komande HVO-a i RBiH dodatno ukazuje na činjenicu da je u dolini Lašve u relevantno vrijeme vladao oružani sukob, koji je postojao sve do potpisivanja Vašingtonskog sporazuma u februaru 1994. godine. Jedinice potčinjene 3. korpusu, a među njima i 7. brigada, napale su gradove i sela čije su većinsko stanovništvo činili bosanski Hrvati. Hrvati i Srbi su bili protivpravno zatvarani ili na drugi način zatočeni na mjestima koja su kontrolisale jedinice ARBiH. Pored toga, jedinice ARBiH pljačkale su i uništavale imovinu Hrvata i Srba. Vjerski objekti, mjesta i ustanove Hrvata su bili razarani ili na drugi način oštećivani ili skrnavljeni. Na području srednje Bosne je zabilježeno i prisustvo stranih muslimanskih boraca ili mudžahedina, a dokazi su pokazali da su strani mudžahedini počeli stizati u srednju Bosnu u drugoj polovici 1992. godine s ciljem da pomognu svojoj “muslimanskoj braći” u borbi protiv srpskog agresora. Dolazili su prvenstveno iz sjeverne Afrike, te s Bliskog i Srednjeg istoka. Strani mudžahedini znatno su se razlikovali od domaćeg stanovništva i to ne samo po svom fizičkom izgledu i jeziku, nego i po svojim metodama u borbi. Na početku, strani mudžahedini su lokalnom muslimanskom stanovništvu dostavljali živežne namirnice i druge osnovne životne potrepštine. Kada je izbio sukob između ARBiH i HVO-a, oni su se uključili na strani ARBiH u borbene akcije protiv HVO-a. Iz dokumenata je vidljivo da je ARBiH održavala tijesne veze sa stranim mudžahedinima i to od njihovog dolaska u srednju Bosnu. Dana 13. augusta 1993. osnovan je nezavisni odred mudžahedina, zvani “El Mudžahid”. Mehmed Alagić, komandant OG “Bosanska krajina”, u naređenju od 13. jula 1993. godine govori o incidentu u selu Guča Gora, gdje su pripadnici “tzv. jedinice mudžahedina” otvorili vatru na vozila UNPROFOR-a. Tim Alagićevim naređenjem traži se od komandanata brigada i opštinskih TO-a, kao i od načelnika MUP-a i velikog imama u Travniku da svojim vojnicima objasne da nikada ne smiju otvarati vatru na vozila UNPROFOR-a. U naređenju se nalazi popis primalaca naređenja, među kojima su 1. bataljon 7. brigade, kao i Nusret efendija Abdibegović. Iz nekih iskaza slijedi da je Nusret efendija Abdibegović 1992. i 1993. godine bio muftija u Travniku. Dvojica svjedoka su izjavila da je u oktobru 1993. muftija bio posrednik između odreda “El Mudžahidin” i OG “Bosanska krajina” u vrijeme otmica Hrvata iz Travnika, kao i u trenutku kada je isti odred uhapsio jednog pripadnika 17. brigade. Naređenjem Envera Hadžihasanovića od 9. decembra 1992. tražila se uspostava “prijekih sudova” unutar brigada. Isto tako, naređenjem od 8. juna 1993. godine Mehmed Alagić je zatražio trenutačnu uspostavu tih sudova u 17. brigadi, 312. brigadi i 306. brigadi. U jednom drugom naređenju od 11. juna 1993. godine Mehmed Alagić traži da se uspostavi posebni sud kako bi se Amiru Haliloviću, zamjeniku komandanta 2. bataljona 312. brigade i drugim oficirima sudilo za napuštanje položaja. Uprkos tim naredbama, čini se da su ti sudovi uspostavljani vrlo rijetko.